Ο σκοπός της Διεύθυνσης Εσωτερικού Ελέγχου του ΔΕΣΦΑ είναι η παροχή ανεξάρτητων και αντικειμενικών υπηρεσιών διασφάλισης και συμβουλευτικής, σχεδιασμένων για να προσθέτουν αξία και να βελτιώνουν τις λειτουργίες του ΔΕΣΦΑ. Η αποστολή του Εσωτερικού Ελέγχου είναι να ενισχύσει και να προστατεύσει την οργανωτική αξία, παρέχοντας, βάσει κινδύνων, υπηρεσίες αντικειμενικής διασφάλισης και συμβουλευτικής.
Η Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου υποστηρίζει το ΔΕΣΦΑ να επιτύχει τους στόχους του μέσω μιας συστηματικής, πειθαρχημένης προσέγγισης για την αξιολόγηση και βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διακυβέρνησης, καθώς και της διαχείρισης κινδύνων και δικλείδων ελέγχου, με την προοπτική της συνεχούς εξέλιξής τους.
Ο Κανονισμός Εσωτερικού ελέγχου θεσπίζει το σκοπό, την αποστολή, τις αρμοδιότητες και ευθύνες της Διεύθυνσης Εσωτερικού Ελέγχου.
Η Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου αναφέρεται οργανωτικά στην Ελεγκτική Επιτροπή του Διοικητικού Συμβουλίου και διοικητικά στην Ανώτατη Εκτελεστική Διευθύντρια.