Ο Διαχειριστής Εθνικού Συστήματος Φυσικού Αερίου (ΔΕΣΦΑ) Α.Ε. ιδρύθηκε στις 30 Μαρτίου 2007 βάσει του Ν. 3428/2005 για την απελευθέρωση της αγοράς φυσικού αερίου (ΦΕΚ 313/27.12.2005), με τον οποίο εναρμονίσθηκε η ελληνική νομοθεσία με την Ευρωπαϊκή Οδηγία 03/55/EK. Ο νόμος αυτός προέβλεψε τη δημιουργία του ΔΕΣΦΑ ως 100% θυγατρικής εταιρίας της ΔΕΠΑ ΑΕ.
Στο πλαίσιο αυτό, μεταβιβάστηκε με απόσπαση από τη ΔΕΠΑ Α.Ε. στον ΔΕΣΦΑ ο κλάδος του Εθνικού Συστήματος Φυσικού Αερίου (ΕΣΦΑ). Με το Προεδρικό Διάταγμα 33 που δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ Α 31/20.02.2007 εγκρίθηκε το καταστατικό του ΔΕΣΦΑ, ενώ με το Προεδρικό Διάταγμα 34 που δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ Α 31/20.02.2007 εγκρίθηκαν τα κριτήρια και η διαδικασία για τη μεταφορά και ένταξη προσωπικού από τη ΔΕΠΑ Α.Ε. στον ΔΕΣΦΑ.
Βάσει του συγκεκριμένου νομοθετικού πλαισίου, ο ΔΕΣΦΑ ανέλαβε πλήρως τον έλεγχο του ΕΣΦΑ, το οποίο ορίζεται στο άρθρο 6 του ν. 3428/05 και περιλαμβάνει το Σύστημα Μεταφοράς Φυσικού Αερίου, δηλαδή το σύστημα αγωγών με πίεση σχεδιασμού άνω των 19 barg και το σταθμό Υγροποιημένου Φυσικού Αερίου (ΥΦΑ) της Ρεβυθούσας. Με τη μεταβίβαση στον ΔΕΣΦΑ του κλάδου αυτού, ο ΔΕΣΦΑ απέκτησε το πλήρες και αποκλειστικό δικαίωμα στη λειτουργία, διαχείριση, εκμετάλλευση και ανάπτυξη του ΕΣΦΑ, του οποίου είναι ταυτόχρονα και ιδιοκτήτης.
Η διαχείριση του ΕΣΦΑ, το οποίο είναι ανοιχτό σε Πρόσβαση Τρίτων, διέπεται από την αντίστοιχη Ευρωπαϊκή και Εθνική νομοθεσία.